แบร์นฮาร์ท เจ้าชายรัชทายาทแห่งบาเดิน ทรงเสกสมรสกับ สเตฟานี แอนน์ คูล เมื่อวันที่ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2544 โดยพระชายารับพระราชทานพระอิสริยยศและพระฐานันดรที่ เฮอร์รอยัลไฮนีส สเตฟานี เจ้าหญิงรัชทายาทแห่งบาเดิน พระชายา มีพระบุตรดังนี้

1. เจ้าชายเลโอพ็อลท์
2. เจ้าชายฟรีดริช
3. เจ้าชายคาร์ล-วิลเฮ็ล์ม